Из хелпа к проге:
CloneSpy может помочь вам освободить место на жестком диске, обнаружив и удалив дубликаты файлов. Дублирующие файлы имеют точно такое же содержимое независимо от их имени, даты, времени и местоположения. Кроме того, CloneSpy может находить файлы, которые не совсем идентичны, но имеют одинаковое имя файла, название файла или расширение файла. Возможно, у вас разные версии файла, и вы хотите найти их все и удалить старые версии. CloneSpy также может найти файлы с нулевой длиной. Это файлы, у которых нет содержимого.

Саня, спасибо за прогу! То, что надо.
Например: Имеем несколько наборов файлов, полученных различными методами, за секунды отсекаем дубликаты и результаты готовы к сохранению.